臺灣製藥產業主要分為西藥及中草藥：在西藥領域內的藥品包括了小分子藥物(small molecule drugs)和生物製劑(biologics)，這些藥品目前在全球藥品管理法中較為明確，也是創造目前全球製藥產業的主要營收來源；中草藥大致分為三類，傳統方劑、非傳統方劑及植物抽取物。

　　臺灣使用中草藥歷史攸久，自日治時期開始中藥科學化的努力，如進行藥理研究，發展濃縮中藥技術等，例如乾元藥行、勝昌製藥廠、順天堂藥廠等。

　　日本時代日商如武田製藥等開始在臺灣生產原料藥酒石酸等，第二次世界大戰結束、日資藥廠被政府接收，1950年代起臺資與日資開始合作設廠生產西藥製劑，如中國化學、田邊製藥等，來自日本的資本與技術是臺灣西藥工業的重要源流之一。臺灣人從代理日本西藥、讀藥學到研究西藥的自主成長歷程，是另一個重要源流。西藥製劑在1960年代進入成長期，1981年臺灣共有九百多家中小型中西藥製劑藥廠；1982年實施優良藥品製造標準制度(GMP)後，製藥業進入高技術、高資本的時代。

　　1990年代製藥產業因受新專利法的限制，以及因應加入WTO開放藥品進口的影響而進入轉型期，原料藥及生技新藥成為重點。

　　臺灣投入原料藥生產是1960年美國氰胺公司與台灣糖業公司合作投資成立，生產氯四環素(金黴素)、鉑黴素等西藥以及輔助飼料(歐羅肥)；1964年中化合成生技投入原料藥之生產。1990年代業者成長快，進入21世紀逐漸從生產學名藥進入利用生化工程技術研發具高經濟價值的生技藥品，臺灣陸續有生技公司進行免疫抑制劑、降血脂藥、蛋白質藥物及生物相似性藥品(biosimilar，或稱生物仿製藥)等的研發或量產試，政府也自2002年將生技產業列為主要發展產業鼓勵廠商投入生技製藥產業。

資料來源：陳信文、李文乾主編，《臺灣現代化學工業史—擴張期(1986-2010)》(臺北市：臺灣化學工程學會，2012年)，頁493-522。