吳系友1990年自本所博士班畢業後，受聘至新設立之高雄工學院化工系，擔任副教授。新設學校，篳路藍縷，備極艱辛，吳系友除致力教學研究外，有感於擴大影響之重要性，於1997年接任化工系系主任。當時是化工系最晦暗的時候，外部面臨大環境對化工的不友善，內部面臨學校對學系招生及系務發展之挑戰，她接任系主任後，透過有效策略規劃，團結學系成員共同努力，爭取到化工教育改善計畫資源挹注，提升教學設施及內容，有效的系務推動，也獲得學校肯定，化工系在學校的定位也因之提升。由於出色的行政作為，系主任卸任後，隨即被聘為教務長室秘書，並在一年後(2001)獲聘為副教務長，協助副校長兼任之教務長處理教務行政事務。
2002年吳系友接任義守大學教務長，應該是大學校院中最年輕的女性教務長，帶領一群年輕的行政同仁，面對一群比她年長的學術主管，要能服人是很大的挑戰。她充分秉持同理心，先推展教務行政/服務效率提升作業，降低行政作業負擔，再逐步透過溝通協調，推動全校性課程重整，提升教學品質。除了影響校內教育環境，她亦透過爭取教育部支持，推動設立區域教學中心，由義守大學擔任中心學校，當時全國僅五個區域教學中心，義守大學以年輕私立學校之姿，能擔此重任，她調和鼎鼐、整合各大學之努力至為重要。
吳系友對外之專業服務亦不遺餘力。以化工背景，從事生化工程相關研究，她積極參與相關學會/組織，努力貢獻一己之力。為中華生化工程學會創會發起人之一，除透過理監事會議對學會運作提供建言外，她在實際事務推動上亦不落人後，協助國內會務推動之餘，吳女士也代表學會積極參與國際交流。歷任Young Asian Biochemical Engineers Community (YABEC)台灣區代表、Asia Federation of Biotechnology(AFOB)理監事，對於國際相關研討會之策畫協助亦不遺餘力，在國際相關領域學者專家間，亦以熱心領域事務備受肯定。擔任YABEC代表期間，致力組織國內年輕生化工程學者專家，除提高內部年輕學者專家間之連結外，透過其規劃運作，台灣在YABEC會議之參與人數逐年增加，成員曝光率亦相對提高。其於2006年主辦之YABEC研討會規模並創下紀錄，迄今仍為領域同儕所推崇。2009年，獲頒YABEC Award表彰其貢獻，中華生化工程學會則在2013年頒贈她生化工程學術服務獎，為學會創會以來第一面服務獎章。
吳系友也是中國化學會高雄分會第11任理事長，在有限資源下，積極推動南部產業與學界間之連結，另透過學會參訪活動設計，引領中學子更深入了解產業，將學會之影響向下扎根。雖早已卸下分會理事長職務，其在分會之努力與奉獻，迄今仍為會員所樂道。吳系友在努力工作之餘，亦未曾忽略對家庭應盡的責任、對先生孩子的照料。大女兒因為生產過程不順利，是重度危險兒，需要密切的觀察與費心的照料，這對當初剛進入職場、又為了支持先生追求自己的理想，獨力照顧孩子的新手媽媽，是很大的衝擊與挑戰。靠著勇氣與毅力，她陪著孩子走過艱辛，最終成長成為一個健康的個體。目前，先生在外商公司有很好的工作與表現，家庭圓滿和樂，可謂苦盡甘來。吳系友曾獲頒中華生化工程學會生化工程學術服務獎、台南縣將軍國小傑出校友、台南縣將軍國中傑出校友、YABECAward及中國工程師學會高雄分會優秀工程師獎。她熱心參與系友會的事務和活動，曾多次應母系女聯會之邀請，跟學妹們分享其就業的心得。
頃獲母系通知獲得「系友傑出成就獎」，與其他傑出學長、學弟並列，實覺受之有愧，姑且將之視為是對女性系友的特別待遇吧！
1980年夏天，聯考放榜，我錄取成大化工系，原來覺得自己化學不夠好，有點躊躇是不是要來就讀。某個豔陽天，家裡來了兩位年輕人，那是我第一次接觸到成大化工系成員，比我大兩屆的鄭哲元與蔡振展學長，風塵僕僕地來到我在將軍鄉下的老家，費心說明化工這件事與成大化工這個系。這兩個人對我的人生道路產生了很大的影響。9月，在珀西颱風的風雨中隻身來到成大，一直到1990年離開成大，我在成大化工系待了長長的10年。在這裡，我完成大學、博士學位，找到人生的另一半，也為職場發展奠立基礎。這裡，不僅僅是我學習成長的地方，更是我第二個娘家。
73級是母系大學部招收三班的第一屆，女學生也空前的多，同屆我們有5個本地生，4個僑生，人數多到可以吸引注目，也受到前所未有的關注與照料，精彩的活動邀約、智慧的學習筆記、收集完整的考古題…，真的是集萬千寵愛於一身。除了學長姊平時的照顧，系上後來也因為逐日增多的女同學設立了「化工女聯」，陳慧英老師是我們的大姊大，以另一種方式引領我們身心的成長。我們在城堡中成長，同時有一座座橋梁通往各自不同的目標。
研究所6年中，一直受到翁鴻山老師和陳特良老師的指導與照顧，畢業時，也因為翁老師到新設高雄工學院(義守大學前身)擔任教務長，才有機緣到這個學校擔任教職，一晃又近25年。新設學校，篳路藍縷，也充滿機會。
在擔任教職過程中，因為馬哲儒老師的鼓勵，我多了一些行政服務的勇氣與歷練。馬老師告訴我：「所有的工作都要有人做，不是每一個人都要去做研究；如果因為妳的努力，可以讓別人的著作目錄更豐富，也是一種貢獻。」自知在研究上能有的發展有限，我努力地嘗試另一種付出。
尤其最近幾年，目睹母系老師們，退休後仍為國內化工與科技發展投注心力，那是震撼式的感動。老師們退而不休與持續付出的熱情，是我的典範，或許終生難望其項背，但肯定會一直是我努力的目標。畢業25年了，感覺從沒真正離開過，今天來自母系的獎項，對我來講，更像是是父母親對孩子的肯定與砥礪，鞭策我在未來的日子要秉持初衷、更加努力。
最後，僅以最誠摯的心，謝謝母系的肯定、謝謝所有師長的教導與提攜、謝謝所有學長姊的協助與照顧、也謝謝外子與家人的包容與陪伴。